En illustrator, como en otras aplicaciones gráficas, los objetos se van apilando en el orden en el que se van dibujando, si dibujamos primero el rectángulo rojo, después el verde y por último el azul, se dibujarán uno encima del otro.
Aunque los objetos no estén situados uno encima del otro sino uno al lado del otro también estarán apilados, aunque, obviamente no se superponen.
Este orden podemos verlo en el panel Capas:
También podríamos desde este mismo panel cambiar el orden de visualización de los objetos, moviendo arriba o abajo los objetos según la preferencia, ten en cuenta que en este panel te aparecerán TODOS los objetos de tu dibujo, pueden ser demasiados para cambiarlo aquí.
Muchas veces nos fijaremos solo en un grupo de objetos, sin importarnos el orden que tengan los demás, por ejemplo, porque están en otra parte del dibujo, en este caso será más cómodo trabajar desde el menú Objeto>Organizar
Para disponer los objetos seleccionados más arriba o más abajo, estas opciones también las tenemos en el menú contextual del botón derecho del ratón.
- Traer al frente: Los lleva encima del todo
- Hacia delante: Los mueve una posición hacia arriba
- Hacia atrás: Los mueve una posición hacia abajo
- Enviar detrás: Lleva los objetos abajo del todo
Estos cambios, se verán reflejados en el panel de capas y puedes trabajar con Organizar o en el panel, según te resulte más cómodo en cada momento.
Angel Ventura 
Deja una respuesta